Aidez la science avec Folding@home

Le projet Folding at Home est un projet qui utilise la technique de la distribution de données. Il est mené par une équipe de l'université de Stanford (Californie), le Pande group, dont l'objectif est de comprendre le repliement des protéines.
Le site officiel du projet
De nombreux résultats ont d'ores et déja été publiés grace à ce projet, leur liste est disponible ici, pour qui comprend l'anglais : http://folding.stanford.edu/English/Papers

La distribution de données

C'est une technique qui permet d'utiliser plusieurs processeurs afin de réaliser plusieurs calculs simultanément. C'est donc une méthode de calcul en parallèle.

Un des projets de distribution de données les plus connus a été Seti@home. Le Seti est un organisme américain qui écoute les ondes électromagnétiques issues de l'espace, dans l'espoir d'y déceler une trace d'une vie extraterrestre (Souvenez-vous d'une pub pour une boisson gazeuse à l'orange... HELLOOOOOO ! ).

Devant la montagne de Giga-octets de données à traiter, un logiciel a été conçu, que tout geek qui se respecte a téléchargé sur son ordinateur. Ce programme télécharge un peu de données à partir du serveur du Seti, les analyse en utilisant la puissance inutilisée du processeur (ainsi il ne gène pas l'utilisation normale de l'ordinateur), puis renvoie les données traitées au Seti, qui en déduit que, non, finalement, ce n'est pas aujourd'hui qu'on découvrira des extraterrestres...

D'autres projets existent aussi, Genome@home, qui n'existe plus aujourd'hui, BOINC, la World Community Grid, etc...
Tous fonctionnent selon le même principe, mais pour cela, une capture d'écran s'impose. Voici, au moment où j'écris ces lignes, la charge de mon processeur :

Eh oui, sur mon Athlon64 X2 4000+, double c?ur à 2,1 GHz, tout neuf, plus des trois quarts de mon processeur sont inutilisés !

D'où l'idée de rentabiliser tout ça... Voici la même machine, 2 minutes plus tard. Je me suis contenté de lancer Folding@home :

Et pourtant, je peux TOUT faire normalement, sans aucun ralentissement de ma machine. Je surfe sur internet, je peux jouer à des jeux vidéos, actuellement, je suis en train d'installer la nouvelle version de mon antivirus, de taper ce tuto, et Windows Update tourne en tâche de fond (véridique ! ) !!!
Eh oui ! Car toute l'astuce réside dans le fait que les programmes utilisant la distribution de données s'exécutent avec la priorité la plus basse ! Ils n'utilisent vraiment que les miettes que leurs laissent les autres logiciels. On ne s'en rend même pas compte !

Évidemment, plus je vais utiliser mon processeur (je vous parlais des jeux tout à l'heure...), moins il va en rester pour ces logiciels, et les calculs seront moins rapides. Mais c'est mieux que rien, et puis, je vous l'ai dit, on ne sent rien ! Dans certaines entreprises, les ingénieurs réseaux ont installé sur tous les postes des logiciels de calcul distribué (sans forcément en avoir averti leur direction...). Les employés ne se doutent de rien !



Ici, je vous l'ai dit, il ne s'agit pas de chercher des petits hommes verts, mais de plier des protéines (ce qui à mon avis est plus utile, mais je ne rentrerai pas dans la polémique ).

Le repliement des protéines

Ça n'a pas grand chose à voir avec le site du zéro, mais ça devrait tout de même vous intéresser.

Dans les organismes vivants, les protéines sont à la base de tout. Pour faire une comparaison, c'est comme les programmes pour un ordinateur. Dans un ordinateur, tout est programme (vous n'avez qu'à voir le nombre de processus dans mes captures d'écran...). Ces programmes communiquent entre eux, certains lancent d'autres programmes, les contrôlent, les stoppent... D'autres interagissent avec l'extérieur...



Pour rappel (je vous avais prévenus, sortez vos cahiers de biologie, interrogation écrite à la fin du tuto ), les protéines sont synthétisées grâce à l'ADN (entre autres). Tout juste synthétisées, les protéines ressemblent à une chaînette d'acides aminés. La protéine est donc linéaire, mais très rapidement, elle se recroqueville selon un processus mystérieux, pour prendre une forme particulière qui dépend de cette protéine. Une fois pliée (fold en anglais), elle acquiert sa fonctionnalité (comme quand on compile un programme).

Le pliage se produit parce que chaque Acide aminé va pouvoir attirer ou au contraire repousser ses voisins, de la même manière qu'un aimant va attirer ou repousser un autre aimant, en fonction de leur polarité. Il ne s'agit pas de calculs très complexes, mais plutôt très nombreux. Il n'est pas rare d'avoir des protéines de plusieurs dizaines de milliers d'acides aminés, ce qui devient très long à simuler sur un ordinateur. Il faut environ 1 jour pour simuler 1 nanoseconde... Une protéine se plie en une dizaine de microsecondes... Et il y a plein de protéines différentes...


Oui, bien sûr (sauf qu'on utiliserait une technique de diffraction aux rayons X au lieu d'un microscope).Secret (cliquez pour afficher)
Mais surtout, ce qui nous intéresse, c'est la phase de pliage. Et le vrai problème, c'est que, parfois, on ne sait pas encore pourquoi, certaines protéines se plient mal. Elles obtiennent alors une fonctionnalité différente de leur fonctionnalité initiale (comme une mutation), et ce phénomène est responsable de maladies telles que la maladie de la vache folle. On pense aussi que la maladie d'Alzheimer, de Parkinson, ou encore certains cancers, sont dus à ce phénomène.

Il est donc vital pour des millions de gens qui souffrent, ou qui souffriront de ces maladies, que le mystère du repliement des protéines soit résolu le plus rapidement possible.

C'est pour ça, très chers Zéros, que toute la communauté scientifique a besoin de vous !

Pour en savoir plus...
Remarquez que le site français est un peu obsolète... Les cours de biologie sont corrects, mais la page de téléchargement n'est plus à jour. Il vaut mieux passer par le site officiel en anglais.

Le principe

Dans l'université de Stanford, il y a des serveurs qui contiennent les données initiales des molécules à calculer. L'internaute doit installer un logiciel client. Ce logiciel client va télécharger une unité de travail à partir du serveur. Cela prend deux minutes grand maximum... Puis il se met au boulot ! Le client va calculer le repliement de la protéine qui lui a été confiée. Cela peut prendre plus de 2 jours, voire 1 semaine ! Imaginez qu'avec votre processeur qui tourne à fond pendant deux jours, vous ne pouvez simuler qu'une nanoseconde du repliement d'une protéine ! Vous comprenez maintenant pourquoi les chercheurs ont fait appel aux internautes...

Une fois son unité de travail terminée, le client la renvoie au serveur qui lui en confie une autre, etc...

Une unité de travail, c'est un morceau de protéine à un moment précis. Par exemple, votre ordinateur va calculer ce qui se passe entre la 54ème et la 55ème nanoseconde, pour la protéine X. Vous aurez donc, parfois, l'impression que votre ordinateur calcule plusieurs fois la même protéine, mais il n'en n'est rien.

Chaque unité de travail porte un identifiant du type Project: 2420 (Run 3, Clone 53, Gen 8). Le projet, c'est le sujet d'étude d'une équipe de chercheurs : il s'agit le plus souvent du repliement d'une protéine en particulier. Ce projet est découpé en plusieurs parties (Run), elles mêmes divisées en sous-parties (Clone), selon un schéma voulu par les scientifiques. Quant à Gen, cela représente le temps. La première unité de travail d'une sous-partie sera Gen 1, quand elle aura été calculée et renvoyée au serveur, celui-ci créera la Gen 2 et l'attribuera au prochain client qui passe par là, etc...

Le serveur a besoin d'une unité de travail pour générer la suivante, il est donc nécessaire que le client la renvoie dans un délai raisonnable. Les unités de travail possèdent donc une deadline. Il s'agit d'une date avant laquelle l'unité de travail doit être renvoyée au serveur. S'il ne l'a pas reçue à cette date, il la réattribuera à un autre client. Imaginez par exemple que vous ayez formaté votre ordinateur et qu'il était au beau milieu de son unité de travail, le serveur attendrait indéfiniment, pour rien... Si votre ordinateur est trop lent, ou pas assez souvent allumé, il est possible que vous dépassiez la deadline... Dans ce cas, quand votre client enverra son travail au serveur, vous ne gagnerez aucun point.

On peut configurer son client avec un pseudo et une équipe. Pour chaque unité de travail terminée, le serveur va donner à ce pseudo un certain nombre de points (en fonction de la taille du calcul qui a été confié au client). Il y a aussi la possibilité de former des équipes, afin de renforcer l'esprit communautaire.

La team du Site du Zéro est la n°53653, aujourd'hui nous sommes 5 dessus (note : en Juillet 2007) ! Cette team a été créée par rapha222 en mars 2007. Merci à lui ! N'oubliez pas de mentionner ce numéro dans votre client ! Et vive le SDZ !
La page de stats de la team est ici : http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/ma [...] teamnum=53653 .
Mise à jour du 5 octobre 2007 : nous sommes aujourd'hui 107 ! Que de chemin parcouru, merci à tous !
Mise à jour du 12 avril 2008 : il n'y a plus que 53 membres actifs sur la team ! Ne vous endormez pas !!!

Il y a donc un classement des internautes, et un autre des équipes.

Folding@home est un projet très sérieux, je vous ai expliqué plus haut que son but final est de sauver des vies ! Il ne s'agit donc pas d'une compétition contre les autres membres, où le but serait d'engranger le plus de points possible, mais plutôt d'une course contre la montre, afin que l'on puisse le plus rapidement possible trouver des remèdes contres ces terribles maladies dont vous serez, malheureusement, nombreux à mourir...

C'est pour cela que les membres du Pande Group ont décidé de ne pas rendre publiques les sources de leur logiciel. Folding@home n'est pas un projet libre, tout simplement parce que s'il l'était, n'importe qui pourrait truquer son client, renvoyer au serveur de fausses molécules, dans le seul but d'avoir beaucoup de points... Il est hors de question de détruire un projet scientifique d'envergure internationale, simplement pour le "plaisir" d'être classé TOP 10 !!!

Les données sont cryptées quand elles transitent sur Internet, justement pour éviter que des petits malins n'injectent de faux résultats dans le système. N'oubliez pas que le but n'est pas d'optimiser le code dans le but de gagner quelques FPS, mais au contraire d'assurer l'intégrité scientifique des calculs. De plus, sans vouloir vous vexer, à l'université de Stanford il y a des informaticiens chevronnés, ce ne sont pas les petits jeunes du SDZ qui vont leur dire où sont leurs bugs !!!

Mettre le projet en open source n'apporterait aucun bénéfice. De plus, le Pande Group a décliné ses clients sous plusieurs plateformes ! Il n'est donc pas nécessaire de recompiler le programme pour l'exécuter sur votre vieille station BSD, ou sous votre Linux favoris !

Enfin, tous les résultats des calculs seront mis dans le domaine public, et seront donc accessibles gratuitement par tous les scientifiques qui en auraient besoin, quelle que soit leur nationalité. Ce n'est que de la science, pas du commerce !
En savoir plus


Mais assez discuté, voyons maintenant les différents logiciels disponibles au téléchargement. (Notez que ce tuto a été rédigé en juillet 2007. Selon la date à laquelle vous lirez ce tuto, les versions seront peut être obsolètes... Le cas échéant, faites m'en part.)

Les clients

Rendez vous ici, sur la page des téléchargements.

Voici les plateformes disponibles. Comme vous le voyez, elles sont nombreuses !

• Windows
• Windows - version GPU
• Linux (32 et 64 bits)
• Mac OS X
• PS3

La version GPU permet d'exécuter les calculs sur la carte graphique. Ce client n'est compatible qu'avec les cartes ATI de dernière génération.
La version PS3 est disponible via une mise à jour du bios de votre PS3 (mais n'espérez pas voir de captures d'écran pour ce client, la PS3 est encore un peu trop chère pour moi ).

Sur ces plateformes, il peut exister plusieurs types de clients :

• Client graphique
• version Console
• version SMP
• version écran de veille

Je ne vous montrerai que les versions Windows. Les linuxiens pourront néanmoins suivre mes indications concernant la version console. Les procédures seront aussi probablement similaires sous MacOS...

Le client graphique

C'est sans doute le client que vous installerez en premier, au début ! Il est livré avec un installeur (vous savez, suivant, suivant, terminer...). Notez cependant que, bizarrement, l'installeur ne semble pas fonctionner sur tous les ordinateurs... Si c'est le cas, essayez de vider vos fichiers temporaires via le nettoyage de disque sous Windows. Vous pouvez aussi essayer de déplacer l'installeur sur votre bureau, dans votre dossier personnel, voire sur la racine du disque dur ! L'important est de parvenir à le lancer... Si vous n'arrivez toujours pas à installer ce client, installez la version console, ce n'est pas grave.



Première chose, l'installeur a créé un raccourci dans le dossier "démarrage" du menu démarrer. Le client se lancera automatiquement au démarrage du logiciel (vous pouvez supprimer ce raccourci si vous le souhaitez...).

A sa première exécution, le client vous demandera quelques petites choses: Votre pseudo (pensez à vérifier sur la page de téléchargement qu'il est disponible...), le numéro de votre équipe (53653 pour le Site du Zéro). Le reste n'a pas besoin d'être modifié, sauf si vous n'avez pas de connexion permanente à internet, dans ce cas vous devriez demander à votre client d'attendre votre accord avant de se connecter à internet.

Validez.
Votre client va alors télécharger une WU (Work Unit, c'est-à-dire unité de travail. Yes Folding@home speaks English ... ).

Puis il va télécharger le core nécessaire. Le core est en fait l'algorithme qui va simuler le pliage. Il peut arriver que le Pande Group mette à jour son core. Dans ce cas, votre core sera mis à jour à votre prochaine protéine, automatiquement.

Et enfin, vous allez plier des protéines. Le client affiche un aperçu de la protéine simulée, en 3 dimensions. Il affiche également un récapitulatif de la situation (votre pseudo, le nom de la protéine en cours de simulation, le pourcentage effectué...). A ce propos, ne faites pas trop attention à l'estimation du temps restant, cette valeur est souvent assez fantaisiste, du genre 3 mois et deux jours...


Si vous cliquez sur la croix pour fermer le programme, le client graphique se minimise dans la barre des tâches. Il tourne donc en tâche de fond, et ne gêne absolument pas.

Pour le quitter complètement, faites un clic-droit sur l'icône près de l'horloge.

NOTE : On m'a souvent demandé si l'aperçu 3D ne consommait pas trop de ressources, ce qui ralentirait le calcul "utile" du repliement de la protéine. En réalité, c'est votre carte graphique qui fait les calculs 3D. Et ce calcul a lieu de manière espacée dans le temps, donc au final la perte de temps est très faible (D'autant que la plupart du temps vous laisserez le client réduit dans la barre des tâches...).

NOTE 2 : Si vous obtenez des erreurs, si le client ne semble pas réussir à télécharger correctement, c'est sans doute parce que vous avez installé F@H dans le dossier program files. Désinstallez le, puis réinstallez le dans votre dossier personnel, ou alors dans les dossiers partagés.

Version Console

Cette version affiche une console, comme ceci:

Elle est utile si vous ne pouvez pas utiliser la version graphique, ou si vous ne voulez pas le faire...
Elle offre également des options plus poussées qui nous seront utiles plus loin dans ce tuto.

Le logiciel téléchargeable sur le site n'est pas un installeur, c'est directement le fichier exécutable du client. Copiez-le dans un dossier vide, quelque part dans votre dossier personnel, ou alors dans les dossiers partagés (public sous Vista).

• user name ? rien à dire...
• team number ? celui du sdz est le 53653
• ...installing as a service ? Sensé gérer le démarrage automatique et invisible aux yeux de l'utilisateur...Je vous conseille de répondre [no] pour l'instant, car en cas de problèmes vous n'aurez pas vraiment accès à la console... Lisez le paragraphe dédié à ce sujet plus loin dans ce tuto.
• ask before sending work ? [no] si vous avez une connexion internet permanente, [yes] si vous voulez que f@h demande votre permission avant de se connecter
• Use IE settings ? [no] fonctionne la plupart du temps, notez que [yes] ne fonctionne pas avec IE7
• use Proxy ? [no], sauf si vous en avez besoin
• Allow recept... 5MB ? permet de télécharger de grosses protéines, plus gourmandes en temps de calcul, plus longues donc, qui rapportent plus de points aussi. Ça dépend donc de votre ordinateur...
• Change advanced options ? pour avoir accès à des options supplémentaires. [no] par défaut, si toutefois ça vous intéresse, mettez [yes], et répondez à tout par défaut

Puis le logiciel va télécharger une protéine, le core qui va avec, et va plier... Ici point d'animation 3D, ce n'est que de la console. Si vous fermez la fenêtre sous Windows, F@H va se fermer proprement. IL NE SE REDUIT PAS EN ICÔNE DANS LA BARRE DES TÂCHES ! Vous devez donc garder la console ouverte en permanence (ou alors réduite dans la barre des tâches...).

Je sais qu'il existe des solutions pour réduire un programme dans la barre de notification, je vous en présente d'ailleurs une en Annexe.
Par la suite, quand vous relancerez le programme, vous n'aurez pas à ré-entrer les paramètres, ils seront restés en mémoire. Si vous souhaitez les modifier, il faut lancer le logiciel avec le flag -config. Vous pouvez aussi le lancer avec le flag -help pour avoir de l'aide sur les flags disponibles.




Donc pour passer un ou plusieurs flags au programme, il est nécessaire de fermer le programme avant.

Version Écran de veille

Cette option est intégrée à la version graphique sous Windows (regardez dans les options). Cela ne concerne donc que les MacUsers .

Similaires à la version graphique, leur fonctionnement et leur configuration est identique, sauf qu'il faut les sélectionner en tant que écran de veille dans votre OS. Ces versions ne calculent que quand l'écran de veille est actif. Je ne pense pas que ce soit vraiment nécessaire de s'en servir, étant donné que Folding at Home ne gêne pas le travail de l'utilisateur... A vous de voir !

Versions GPU

Uniquement compatibles avec les dernières cartes graphiques de ATI (et seulement avec certains drivers Catalyst...), elles utilisent en fait un code entièrement différent du code CPU. Ces versions se servent de la puissance de calcul de votre carte graphique, qui effectue certains types de calcul beaucoup plus rapidement que le CPU. Les calculs sont donc plus rapides, ce qui est mieux pour la science !

Ce sont des versions beta, alors prudence !

Les cartes nVidia ne sont pas supportées, car l'architecture des pilotes ForceWare ne permet pas d'exploiter directement le GPU.

Versions SMP

Ce sont des versions beta (à l'heure où j'écris ces lignes), elles ne sont donc pas stables. Les commentaires lisibles dans le forum sont unanimes à ce sujet !!!

Ce sont des versions qui supportent les ordinateurs avec plusieurs processeurs, les dual-core, les quad-core, etc... Pour ma part, je ne les installerai que quand elles seront stables, mais là, c'est vous qui voyez !

Version PS3

D'après ce que j'ai lu sur internet (je vous rappelle que je n'ai pas de PS3. MESSAGE PERSONNEL : Père Noël, si jamais tu passe par ici... ), une option est disponible dans le menu de la PS3, à partir de la version 1.6 . Si votre version est trop ancienne, faites une mise à jour !

Les processeurs de la PS3 sont extrêmement performants concernant les calculs demandés par Folding@Home. Une WU est simulée en environ 8 heures. Il faut savoir que contrairement aux autres clients, vous ne pouvez pas faire autre chose en même temps que vous exécutez Folding@Home sur votre PS3. La durée de 8 heures a été prévue pour que vous puissiez lancer un calcul pendant la nuit, et qu'il soit terminé le lendemain matin !

Alors voilà, vous avez installé un client, il semble plier des protéines, et pourtant votre processeur n'est utilisé qu'à 50% de ses capacités... Je sors ma boule de cristal, et que vois-je ? Vous avez un processeur double c?ur ! (je me trompe ? ).

Des symptômes similaires apparaîtront si vous avez un processeur avec la technologie HyperThreading. Si c'est le cas, lisez le secret.
Secret (cliquez pour afficher)

Où est le problème ?

Le problème est simple : mis à part les versions SMP, encore en beta test, les versions actuelles de Folding@Home ne sont pas optimisées pour les processeurs double c?ur. Vous pliez une protéine, en utilisant un c?ur de votre processeur. Votre deuxième c?ur ne peut pas être utilisé pour accélérer les calculs de Folding@Home.

Vous avez deux possibilités :

• soit vous n'utilisez qu'un c?ur pour Folding@Home, et l'autre pour votre utilisation de bureautique. Dans ce cas, et bien ne changez rien, vous y êtes. Vous ne donnerez que 50% de votre processeur à la science, mais au moins vous serez sûr que votre ordinateur ne sera pas ralenti car il vous restera 50% de temps processeur disponible...
• soit vous décidez de donner toute la puissance de votre processeur à la science. Il y a de petites bidouilles à faire, rien de bien compliqué rassurez vous...

Le principe

Dans la mesure où les clients ne sont pas prévus pour le multi c?ur, ils sont prévus pour s'exécuter sur un seul c?ur. Donc, petite devinette : si vous avez deux c?urs, combien pouvez vous lancer de clients ?

Secret (cliquez pour afficher)

Sauf que, si vous essayez de lancer deux fois le client graphique, on vous affichera un message comme quoi vous ne pouvez lancer le logiciel qu'une seule fois en même temps !
Si vous essayez de lancer deux fois la version console, les deux consoles seront ouvertes, mais elles vont afficher des erreurs, se marcher sur les pieds, et rien ne sera calculé au final !
Quant à lancer deux fois la version économiseur d'écran, heu je ne vois pas trop comment c'est possible !

L'identification des clients

Quand il se connecte à un serveur, votre client va s'identifier. Cela permet aux serveurs de compter le nombre de clients actifs, cela permet aussi de faire un suivi des molécules (tel client calcule telle molécule...).
Cette identification se fait grâce à un user_ID, nombre aléatoire généré par le client, qui correspond en fait à un ordinateur, et à un machine_ID, qui permet de différencier plusieurs clients qui s'exécuteraient sur le même ordinateur.

Il va donc falloir installer deux clients, et modifier le machine_ID de l'un des deux.

Comment faire ?

Sachez que l'on ne peut pas modifier le machine_ID des versions graphiques. Vous pourrez donc soit installer une version graphique et une version console, soit installer deux versions console.

Il est impératif d'installer les deux clients dans des dossiers différents. Il faut également les exécuter avec le flag -local.


Après avoir installé les clients, et avant de les exécuter, créez des raccourcis sur votre bureau, et modifiez la ligne "cible" des propriétés du raccourci en ajoutant le flag -local.


Si vous avez installé un client graphique, exécutez-le en premier, sinon, exécutez un client console. Configurez le normalement (cf. mon paragraphe plus haut).

Puis exécutez le deuxième client, qui est lui obligatoirement un client console. Répondez à toutes les questions comme expliqué plus tôt, mais répondez [yes] à "change advanced options ?".
Il s'agit de paramètres avancés qu'il est inutile de modifier (sauf si vous en avez vraiment envie...). Contentez vous de valider les paramètres par défaut. Le paramètre qui nous intéresse est le dernier :Code : Console
Si vous avez bien suivi (et même si ce n'est pas le cas ), vous devez entrer "2". Et voila ! Vos deux clients s'exécutent simultanément, sans aucun problème...



Bon pliage !

Cette partie s'adresse aux utilisateurs de la version console, qui en ont marre de cette fenêtre toujours ouverte sur leur bureau. Cette méthode est plus propre que celle décrite en annexe.

Service ? C'est quoi ça ?

Reprenons ma première capture d'écran...


Ca fait beaucoup de processus, vous ne trouvez pas ? D'autant que je n'ai pas autant de fenêtres ouvertes sur mon bureau... Tous ces processus sont en fait pour la plupart des composants de Windows. Ce sont des services. Mais où se cachent-ils ?

Par un clic-droit sur le poste de travail, sélectionnez "gérer" (il faut être administrateur), puis dans l'arborescence à gauche, cliquez sur services. Vous obtiendrez ceci :


Comme vous le voyez, il y en a beaucoup, des utiles et des moins utiles, certains sont démarrés, d'autre non, certains sont programmés pour s'exécuter automatiquement au démarrage... Vous pouvez aussi démarrer et arrêter manuellement les services, et modifier certaines de leurs propriétés.

C'est exactement ce qu'il me faut !

Le problème, c'est qu'aucune option ne permet d'ajouter un service manuellement. Ce sont les logiciels qui doivent demander à s'installer en service (c'est d'ailleurs ce que font la plupart des virus...). Justement, souvenez vous, dans le client console existe une option pour lancer le client en tant que service.

Si vous avez un processeur monocore, pas de problème. Exécutez F@H avec le flag -config, en tant qu'administrateur, et répondez yes à la bonne question. Au prochain redémarrage de votre ordinateur, aucune fenêtre de console ne s'ouvrira, mais vous verrez que votre processeur est utilisé à 100%. D'ailleurs, un nouveau service est apparu dans la liste.

Et si j'ai un double c?ur ?

Là, c'est un peu plus délicat.
Déjà, vous devez exécuter chaque client avec les deux flags -local -config, en tant qu'administrateur, puis lancer la mise en service. Je vous rappelle que vous devez exécuter systématiquement chaque client avec le flag -local, or ce flag n'est pas ajouté dans le service, et il n'est pas possible de modifier la commande dans la fenêtre des services. Il faut pourtant la modifier.

NE REDEMARREZ SURTOUT PAS VOTRE ORDINATEUR MAINTENANT. Vous risqueriez de perdre tous les calculs en cours.

Nous allons donc modifier cette commande qui sera lancée au démarrage de windows. Pour cela, vous trouverez sur Internet de nombreux trucs qui vous feront modifier la base de registre... Je vous propose moi d'utiliser la ligne de commande. Je trouve cela plus propre.

Ouvrez donc la ligne de commande (sous Vista, tapez cmd dans le menu démarrer, puis avec un clic droit sur l'icône apparue dans le menu, sélectionnez "exécuter en tant qu'administrateur"), ainsi que la fenêtre des services. Localisez vos services FAH (ils ont des noms à rallonge...).

Tapez ceci dans la ligne de commande :
Code : Console
Vous obtiendrez ceci :
Code : Console

La ligne BINARY_PATH_NAME indique le chemin de votre client, avec tous les flags exécutés au démarrage. Je vous rappelle que nous voulons ajouter le flag -local, nous allons donc utiliser la commande sc config qui permet de modifier la configuration d'un service.
Code : ConsoleCe qui donne dans mon exemple :Code : ConsoleOuf !
N'oubliez pas les guillemets, ni le P majuscule de binPath=, ni l'espace après binPath= . Pas de panique, allez y lentement et relisez-vous !

Et voilà, maintenant, faisons un test : arrêtez votre client FAH (qui tourne normalement toujours dans sa fenêtre), puis dans la fenêtre des services, démarrez le service FAH via un clic droit dessus. Après quelques secondes, votre processeur devrait se retrouver à 100% (ou 50%), preuve que notre manipulation fonctionne.

Vous pouvez aussi vérifier le fonctionnement en lisant le fichier log.txt présent dans le dossier de votre client : c'est l'exact contenu de la console !

L'ensemble de cette manipulation est à effectuer pour chaque service FAH !

Vous pouvez maintenant redémarrer votre ordinateur.

Pour contrôler mes clients

Alors voilà, vous avez maintenant un ou plusieurs services FAH qui tournent en tâche de fond. Vous pouvez facilement garder un ?il dessus grâce à de nombreux petits logiciels. Je vais vous en présenter un : FahMon. Il est disponible ici : http://fahmon.net/
Dan le menu supérieur, cliquez sur Download, puis téléchargez la version qui vous convient (les sources sont disponibles, ainsi que certains .deb et autres pour les linuxiens).

Installez-le (je ne pense pas que vous ayez besoin de moi pour cela), puis exécutez-le.

Acceptez le téléchargement qu'il vous propose, puis vous vous retrouverez devant une page vide.

Clic-droit dans la zone centrale -> "ajouter un nouveau client".
Donnez-lui un nom (celui que vous voulez), puis indiquez à fahmon le dossier dans lequel votre client est installé, à l'aide de la touche [...]. Validez.

Effectuez ceci autant de fois que vous avez de clients. Si vous avez plusieurs ordinateurs avec FAH dessus, pas de problèmes : FahMon est capable d'utiliser les dossiers réseau de windows. Si vous partagez les dossiers d'installation de FAH sur votre réseau, vous pouvez ajouter les clients sur un autre ordinateur, et ainsi centraliser la surveillance de tous vos clients.

Et voilà, désormais vous avez sous les yeux tous vos clients, avec une estimation du temps restant, la progression effectuée, éventuellement le nombre de points...

Alors voilà, vous allez formater votre ordinateur, vous allez le vendre, vous partez en vacances 1 mois ordinateur éteint... Ou alors vous avez décidé d'abandonner FAH pour des raisons qui vous sont propres... Ou encore, vous voulez mettre à jour votre client. L'idéal serait que vous puissiez terminer la WU en cours, l'envoyer au serveur, et ne pas en télécharger une nouvelle, pour ne pas ralentir la recherche inutilement.

Pour terminer proprement la WU

version graphique

En faisant un clic droit dans l'arrière plan de la fenêtre, ainsi que sur l'icône dans la barre des tâches, vous pouvez sélectionner l'option "pause when done", ce qui signifie "pause quand terminé". Ainsi, quand la WU sera terminée et envoyée au serveur, votre client ne téléchargera pas de nouvelle WU, vous n'aurez plus qu'à le quitter, et faire ce que vous voulez faire.

version console lancée manuellement

Par un clic sur la croix de la console, ou alors via Ctrl+C, fermez votre/vos client(s). Puis relancez-le(s) avec le flag -pause (plus éventuellement -local, etc...). Et voilà, votre client se fermera de lui même quand il aura fini sa WU.

version console configurée en tant que service

Là, ça se corse un peu... Allez dans la fenêtre des services, puis recherchez votre/vos services FAH. Arrêtez le(s), puis configurez le sur "démarrage désactivé" (via les propriétés du service, clic droit dessus...). Il faut faire cela, sinon le service se relancera automatiquement au démarrage de votre ordinateur...

Ensuite, pour terminer la WU en cours, lancez le client avec le flag -pause (plus -local, etc...). Vous allez devoir supporter la console (quelle horreur ) jusqu'à la fin du calcul.


A ce stade, votre client n'est assigné à aucun travail. Tout ce que vous ferez ne gênera donc pas la recherche de l'université, vous pouvez donc partir en vacances ! A votre retour, vous n'aurez qu'à relancer vos clients (et éventuellement replacer le service sur "démarrage automatique").

La mise à jour

Vous avez repéré une nouvelle version sur le site de Stanford ? Alors installons la !
Il s'agit d'une manipulation qui peut être un peu hasardeuse au niveau des calculs, c'est pourquoi il vaut mieux terminer la WU en cours avant de se lancer dans la manipulation.

version graphique

Je vous suggère simplement de désinstaller votre client actuel (via le panneau de configuration de windows...), puis de réinstaller le nouveau client. Au moins, la réinstallation sera propre.

Pensez seulement à reconfigurer le client (notamment votre pseudo, et surtout la team !!! Très important ça...)

version console lancée manuellement

Rien de particulier cette fois-ci, il vous suffit de supprimer l'ancienne console (la console hein, pas les cores !!! ) et de copier la nouvelle console dans le dossier. Si vous ne touchez pas aux autres fichiers, il ne sera pas nécessaire de tout reconfigurer.

Pensez à mettre à jour vos raccourcis, car le nom de l'exécutable a changé...

version console mise en "service"

Dans le fond, le mécanisme est le même que ci-dessus, sauf que nous avons déjà vu qu'il est difficile de modifier le lien du service...

Donc, après avoir vérifié que le service ne tournait pas, et bien sûr en ayant déjà fini la WU en cours, lancez le client avec les droits d'administration avec le flag -configonly (celui-là permet de configurer le client sans qu'il ne se mette à calculer ensuite. Le client se fermera dés la configuration terminée), sans oublier le -local si nécessaire, puis désinstallez la mise en service en répondant [yes] à la question.

Changez l'ancienne version pour la nouvelle, puis lancez la avec le flag -config, et réinstallez la mise en service (sans oublier les manips' nécessaires pour le flag -local, revoyez mes explications du chapitre précédent pour cela).

La désinstallation

Cette partie sera intéressante pour ceux qui ont installé le logiciel sur un ordinateur ne leur appartenant pas... . Plus sérieusement, les raisons importent peu, hein . Bref, la communauté scientifique va bientôt perdre un CPU...

Cette partie sera rapide, car j'ai déjà tout dis ! Donc, finissez la WU en cours. Puis désinstallez la mise en service (le cas échéant) via le flag -configonly, supprimez les éventuels raccourcis du menu "démarrage", dans le menu démarrer. Il ne faut évidement pas que le logiciel tente de se lancer automatiquement au démarrage de l'ordinateur, alors qu'il est désinstallé !!!

Maintenant que tout est propre, il ne reste plus qu'à désinstaller le logiciel proprement dit du disque dur. Pour cela :

• version graphique :
il devrait y avoir un raccourci de désinstallation dans le menu démarrer... Ou alors, passez par le panneau de configuration, "désinstallation de programmes"
• version console (avec ou sans service) :
ici, pas de chichis ! On supprime brutalement le dossier où vous avez installé votre client (de toutes façons, nous avons déjà fait le ménage plus tôt)

Réduire la console dans le system tray.

Alors ça y est, vous avez réussi à paramétrer correctement votre client (ou vos clients), mais le problème, c'est que vous avez des fenêtres consoles ouvertes en permanence sur votre bureau. Bien sûr, vous pouvez les minimiser dans la barre des tâches, mais ça prend de la place !

Il existe sur internet des tas de logiciels permettant de masquer une fenêtre, et de la réduire dans la barre des tâches. Je vais vous en présenter un : trayit!

page d'accueil

J'utilise personnellement la version 4.6.5, mais je suis sûr que les versions plus récentes fonctionneront aussi bien.

Après avoir téléchargé le fichier zip, décompressez le quelque part, puis exécutez trayit!.exe . Il vous affichera alors un récapitulatif (en anglais) des fonctions offertes. Puis la fenêtre principale s'ouvre. Commençons par le mettre en français : File>select language>French. Puis configurons le : éditer>options . Je vous conseille de cocher "Afficher l'icône de TrayIt dans le systray", pour le reste c'est comme vous le voulez.

Fonctionnement

Pour masquer une fenêtre, faites un clic droit sur la croix rouge de fermeture de la fenêtre. Vous pouvez aussi réduire la fenêtre tout en appuyant sur la touche {majuscule}. Un clic droit sur le bouton {minimiser} d'une fenêtre fera apparaître un menu.

Pour restaurer la fenêtre, un double clic suffit, sur l'icône du systray.

Mais ceci ne fonctionne malheureusement pas avec toutes les fenêtres, et notamment la fenêtre console de Windows ne fonctionne pas. Mais pas de panique : dans la fenêtre de TrayIt sont représentées toutes les fenêtres ouvertes. Faites un clic droit sur une instance de folding @ Home, puis cliquez sur "placer dans le Systray". Et c'est bon !

Dorénavant, quand vous voudrez réduire une fenêtre de F@H, elle se réduira automatiquement dans le systray, et libérera votre barre des tâches.

Trayit gardera en mémoire le fait que vous ayez défini une telle option au logiciel Folding@Home, aussi vous n'aurez pas à refaire cette manipulation à chaque fois. TrayIt appelle cela un profil.

Et voilà. N'oubliez pas que vous pouvez utilisez Trayit pour masquer d'autres fenêtres que celles de F@H.

Considérations énergétiques et écologiques...

J'en vois déjà qui s'insurgent (les voilà, les petits hommes verts ) à propos du réchauffement de la planète, de la consommation électrique d'un ordinateur qui tournerait 24/7...

Alors... certes, un ordinateur qui tourne à 100% du processeur consomme de l'énergie, sans compter que les ventilateurs tourneront à fond pour évacuer toute la chaleur...
Il faut savoir que la différence entre un processeur à l'arrêt et un processeur allumé, chargé à 0% est assez impressionnante ! Selon le processeur, ça peut monter jusqu'à 250 Watts ! En revanche, la différence entre un processeur chargé à 0%, et le même chargé à 100% est assez faible, dans les 20 Watts.

Donc d'un point de vue énergétique, ça coûte plus cher (en termes écologiques, pécuniaires, etc...) de faire tourner son ordinateur uniquement pour FaH, plutôt que de ne le faire tourner que quand vous en avez besoin.

C'est pour cela que le pande group nous recommande de ne pas faire tourner nos ordis 24 heures sur 24 sans raison. Voici le principe : faites comme avant. Si d'habitude vous éteignez votre ordinateur le matin car vous ne vous en servez pas, et bien éteignez-le ! De cette manière, le surplus de consommation induit par FaH ne sera que de 20 Watts. (Faire tourner votre ordi uniquement pour FaH coûterait 270 Watts ! ).

Si par contre vous avez l'habitude de laisser allumé votre ordinateur la nuit, le jour, par flemme, pour la mule ou parce que c'est un serveur, et bien vous pouvez en profiter pour faire tourner FaH. Pensez simplement à couper l'écran, l'imprimante, bref tout ce qui ne sert à rien quand on ne se sert pas de son ordinateur... C'est meilleur pour la planète !

Idées reçues

Folding@home fait planter mon PC

Vous en êtes sûrs ? Ne serait-ce pas plutôt votre ordinateur qui est instable ? Comme je vous l'ai expliqué plus haut, votre CPU possède plusieurs unités de calcul spécifiques à certains calculs, certaines étant plus souvent utilisées que d'autres. Si votre ordinateur est presque stable, alors il y a fort à parier que vous pensez qu'il est stable, car seules certaines unités de calcul font planter les ordinateurs.

La vérité, c'est que le logiciel est bien conçu. Si ça plante, ce n'est pas de leur faute, c'est malheureusement votre matériel qui est instable... Mais si ça plante, et que vous ne le supportez plus (c'est compréhensible), et bien j'explique plus haut comment désinstaller les clients . Vous n'êtes pas obligé de participer à ce projet (c'est bête à dire...)

Mon PC overclocké est stable, pourtant ça plante !

Ah, l'overclocking, vaste sujet ! Je vais donc vous expliquer deux ou trois choses... Le principe de l'overclocking, c'est d'augmenter la fréquence et la tension du processeur, jusqu'à ce qu'il soit à la limite de la stabilité. Mais votre problème vient justement de la notion de stabilité...

Un processeur est composé de plusieurs circuits, certains gérant les calculs avec des virgules, d'autres non, les additions, les multiplications, les calculs sur 16, 32, 64, 128 bits, etc... Certains de ces circuits sont utilisés couramment, d'autres plus rarement, et certains jamais !!! Tout dépend des logiciels que vous exécutez.

Tous ces circuits ne sont pas sensibles de la même manière aux hautes fréquences et hautes tensions... En clair, si lors de votre overclocking, le seul circuit qui plante est un circuit qui n'est jamais utilisé, et bien vous aurez l'impression que votre CPU est stable, alors qu'il y a un circuit qui n'est pas stable. Tant que vous ne tenterez pas d'utiliser ce circuit, votre ordinateur fonctionnera (rapidement en plus).

Mais FaH utilise justement les circuits (on parle de jeu d'instruction) qui sont les plus sensibles.

Il en résulte que Fah est un logiciel très sensible à l'overclocking. Il peut donc servir de logiciel de test de la stabilité, bien plus performant que 3D-Mark, Prime95 et les autres...

Si votre ordinateur plante, le premier test à faire est de supprimer l'overclocking, pour voir si ça plante toujours, et de rester ainsi une semaine ou deux. Et d'en tirer les conclusions qui s'imposent...

Ca va user mon processeur de tourner à 100% tout le temps

Il ne faut pas oublier qu'un processeur est fait pour calculer !!! En y réfléchissant bien, quand vous jouez à un jeu très récent sur un ordinateur, comment dire, moins récent , à combien votre processeur sera-t-il chargé ? Faire tourner FaH ne fatigue pas plus votre ordinateur qu'un autre logiciel gourmand, que ce soit photoshop, CS: S, Oblivion, Combat Flight (si ça existe toujours... je suis un peu à la ramasse au niveau des jeux...).

En clair, pas de craintes à avoir, sauf si votre processeur n'est pas bien refroidi... Ce qui me fait faire une transition de ouf là !.

Avis aux utilisateurs d'ordinateurs portables

Cela intéressera également ceux qui ont monté leur ordinateur eux mêmes.

Le principe de F@H, comme de seti@home et des autres, est d'utiliser les cycles de calcul inutilisés de votre processeur, ce qui engendre un dégagement de chaleur supplémentaire par rapport à un système au repos.

Dans un ordinateur de bureau, les ventilateurs sont puissants, efficaces, et relativement silencieux. Dans un ordinateur portable, en revanche, les systèmes de refroidissement sont beaucoup moins efficaces, et plus bruyants. Résultat, le processeur chauffe beaucoup plus. Or, plus un processeur est chaud, et plus il s'use quand il est utilisé.

Un processeur de bureau, bien refroidi, ne s'use pas (ou si peu). Votre ordinateur sera un dinosaure bien avant qu'il ne grille ! En revanche, les processeurs pour portables peuvent monter jusqu'à 80°C à pleine charge (contre environ 40°C pour une tour). A cette température, l'usure est beaucoup plus conséquente, d'autant que le processeur est utilisé à 100 % !

Je possède un ordinateur portable, et bien que mon processeur n'ait pas grillé, j'ai décidé de ne plus utiliser F@H dessus le jour où j'ai installé un logiciel capable de m'indiquer la température de mon processeur ! (quand on voit 82°C, et qu'on se souvient que F@H tourne depuis une semaine, ça fait drôle !!!).

Là encore, vous êtes seuls juges (c'est pour cela qu'il est obligatoire d'être propriétaire de l'ordinateur...). Il est possible de limiter F@H à un certain pourcentage de processeur, via les options. J'ai cependant décidé de ne pas le faire (ça coûte cher un laptop !).

Sans compter le problème de la batterie, qui se vide à grande vitesse !